합병법인이 포합주식·자기주식에 대해 합병신주를 배정받아 자기주식으로 상당 기간 보유했다면, 그 주식도 분여이익 계산에서 다른 주주의 주식과 달리 취급할 수 없습니다. 대법원은 이렇게 보고 법인세·증여세 부과처분 취소청구를 받아들이지 않은 원심을 유지했습니다(대법원 2017두66244, 상고기각).
![[최신판례] 불공정 비율 합병과 법인세·증여세, 포합주식·자기주식 몫도 이익 계산에 포함될까｜대법원 2017두66244](https://image.inblog.dev?url=https%3A%2F%2Fsource.inblog.dev%2Ffeatured_image%2F2026-10-03T19%3A49%3A38.257Z-88262a93-8f19-4113-aed5-1c91d55be49e&w=3840&q=75)
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특수관계 법인 사이의 합병은 합병비율에 따라 주주 간 이익이 옮겨갈 수 있어 과세관청이 주의 깊게 보는 거래입니다. 특히 합병법인이 피합병법인 주식을 이미 보유하고 있거나(포합주식), 피합병법인이 자기주식을 가진 경우 이익 계산이 복잡해집니다.
이번 글에서는 이런 주식에 배정된 합병신주를 분여이익 계산에 포함할 수 있는지 판단한 대법원 판결을 정리합니다. 송파·문정 일대 중소기업의 합병·지배구조 정비 자문에서도 미리 검토해야 할 부분입니다.
사건 개요
구분 | 내용 |
|---|---|
합병 내용 | 특수관계 법인 간 합병, 합병법인 주식은 시가보다 높게·피합병법인 주식은 시가보다 낮게 평가 |
과세 처분 | 피합병법인 주주들이 합병법인 주주들에게 이익을 분여했다고 보아 법인세·증여세 부과 |
특수 사정 | 합병법인은 피합병법인 주식(포합주식)을, 피합병법인은 자기주식을 보유 |
원고 주장 | 포합주식·자기주식에 과소배정된 합병신주는 분여이익 계산 대상이 아님 |
결론 | 상고기각(원고 주장 배척) |
쟁점
합병법인의 포합주식과 피합병법인의 자기주식에 대하여 합병신주가 과소배정된 경우, 피합병법인의 주주들이 합병법인 주주들에게 분여한 이익을 어떻게 산정하는지가 쟁점이었습니다.
관련 규정
법인세: 부당행위계산 부인
구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항은 특수관계자와의 거래로 조세 부담을 부당히 감소시킨 경우 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 정합니다. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (가)목은 특수관계 법인 간 불공정한 비율의 합병으로 다른 주주에게 이익을 분여한 경우를 그 예로 들고, 제89조 제6항은 익금 산입액 계산에 구 상증세법 제38조 등을 준용하도록 합니다.
증여세: 합병에 따른 이익의 증여
구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것) 제38조는 특수관계 법인의 합병으로 대주주가 얻은 이익을 증여재산가액으로 보고, 그 금액은 합병 직후와 직전의 주식 평가가액 차액으로 계산하도록 정합니다. 구체적 산식은 구 상증세법 시행령 제28조 제3항 내지 제5항이 정하고 있습니다.
대법원 판단
대법원은 합병법인이 합병신주를 배정받아 이를 자기주식으로 상당한 기간 보유한 이상, 합병신주를 배정받지 않거나 배정받아 합병과 동시에 소각한 경우와 동일하게 취급할 수 없다고 보았습니다.
또한 그러한 자기주식에도 양도성과 자산성이 있으므로 다른 주주들이 소유한 주식과 달리 취급할 이유가 없다고 판단했습니다. 이에 따라 같은 결론의 원심판결에 대한 상고를 기각했습니다.
실무상 의미
특수관계 법인 간 합병에서는 합병비율 산정의 근거와 주식 평가 방법을 사전에 점검해야 합니다.
포합주식·자기주식이 있는 경우 합병신주를 배정할지, 배정 후 소각할지에 따라 과세 결과가 달라질 수 있습니다.
합병 이후 자기주식을 장기간 보유하는 구조라면 분여이익 계산에 포함될 수 있음을 염두에 두어야 합니다.
현행 법령은 개정을 거쳤으므로, 합병 시점의 적용 조문을 함께 확인해야 합니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 포합주식이란 무엇인가요?
A1. 합병법인이 합병 전에 이미 보유하고 있던 피합병법인의 주식을 말합니다. 합병 시 이 주식에 대해 합병신주를 배정할지가 문제됩니다.
Q2. 불공정 합병이면 법인세와 증여세가 함께 부과되나요?
A2. 이익을 분여한 쪽이 법인이면 부당행위계산 부인에 따른 법인세가, 이익을 받은 대주주에게는 증여세가 문제될 수 있습니다. 구체적인 과세 여부는 주주 구성과 이익 규모에 따라 달라집니다.
Q3. 합병신주를 바로 소각하면 결과가 달라지나요?
A3. 이 판결은 합병신주를 배정받지 않거나 합병과 동시에 소각한 경우와 자기주식으로 상당 기간 보유한 경우를 구별했습니다. 합병 구조를 설계할 때 이 차이를 함께 검토해야 합니다.
Q4. 과세처분을 다투려면 어떤 절차를 거치나요?
A4. 일반적으로 이의신청·심사청구·심판청구 등 전심절차를 거친 뒤 행정소송으로 다툽니다. 각 절차에는 청구 기간이 정해져 있으므로 처분을 받은 즉시 일정을 확인해야 합니다.
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글을 마치며
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※ 본 글은 일반적인 법률정보 제공을 위한 것으로, 개별 사건의 결론은 구체적인 사실관계와 증거에 따라 달라질 수 있습니다.
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