한 줄 요약 · 대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결. 국내에 등록되지 않은 특허라도 그 특허기술이 국내에서 제조·판매 등에 사용되었다면, 사용료는 한미조세협약상 국내원천소득이 될 수 있습니다. 종전 판례를 변경하고 원심을 파기환송했습니다.
![[최신판례] 국내 미등록 특허 사용료도 국내원천소득일까｜대법원 2021두59908 전합](https://image.inblog.dev?url=https%3A%2F%2Fsource.inblog.dev%2Ffeatured_image%2F2026-10-09T05%3A05%3A27.544Z-9e9ba784-3039-494e-b9db-d2d7d53fa308&w=3840&q=75)
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국내 기업이 해외에 제품을 수출하다 보면 현지 특허권자로부터 특허침해소송을 당하는 일이 적지 않습니다. 분쟁은 대개 라이선스 계약과 사용료 지급으로 마무리되는데, 이때 따라오는 질문이 하나 있습니다. 그 특허가 국내에는 등록되어 있지 않다면, 해외 특허권자에게 주는 사용료에 우리나라가 세금을 매길 수 있을까요?
지금까지 대법원은 "등록되지 않은 나라에서는 특허를 사용할 수 없다"는 특허권 속지주의를 근거로 이런 사용료를 국내원천소득으로 보지 않았습니다. 그래서 국내 기업이 원천징수한 법인세를 돌려받는 사례가 이어졌습니다. 이번 전원합의체 판결은 이 흐름을 바꿨습니다. 해외 특허 라이선스를 받는 기업이라면 원천징수와 경정청구 전략을 다시 점검해야 할 판결입니다.
사건 개요
원고: 국내 반도체 회사 / 피고: 관할 세무서장
미국 회사가 원고를 상대로 미국에서 특허침해소송을 제기했습니다.
2013년 양측은 소송을 끝내면서, 원고가 미국 회사의 미국 등록 특허에 대한 라이선스를 받는 '특허권 라이선스 및 화해 계약'을 체결했습니다. 이 특허들은 국내에는 등록되지 않은 '국내 미등록 특허'였습니다.
원고는 사용료를 지급하면서 원천징수한 법인세를 납부했습니다.
이후 원고는 "국내 미등록 특허의 사용료이므로 국내원천소득이 아니다"라며 환급을 구하는 경정청구를 했고, 세무서장이 이를 거부하자 거부처분 취소소송을 냈습니다.
쟁점
한미조세협약은 사용료의 원천을 특허 등이 '사용'된 곳으로 정합니다. 핵심은 이 '사용'을 무엇으로 볼지입니다.
종전 해석: '특허권'의 사용으로 보아, 국내에 등록되지 않은 특허는 국내에서 사용될 수 없다고 봄
새로운 해석: 협약에 정의가 없으니 우리 법인세법 기준에 따라, 특허'기술'을 국내 제조·판매 등에 쓰면 국내 사용으로 봄
종전 판례와 원심
대법원은 1992년 판결 이후 여러 차례 국내 미등록 특허의 사용료는 국내원천소득이 아니라고 판단해 왔습니다. 특허권은 등록한 나라 안에서만 효력이 있으므로(속지주의), 그 나라 밖에서는 침해도 사용도 생각할 수 없다는 논리였습니다.
원심도 이 판례를 그대로 따라 원고 승소로 판단했습니다. 세무서장은 상고하면서 판례를 바꿔야 한다고 주장했습니다.
대법원 판단
다수의견 — 특허 '기술'이 국내에서 쓰였는지가 기준
해석의 출발점: 협약은 '사용'을 정의하지 않으므로 협약 제2조 제2항에 따라 과세하는 나라인 우리 법으로 해석합니다. 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허라도 국내 제조·판매 등에 사용되면 국내에서 사용된 것으로 봅니다.
무형자산 전체와의 통일: 협약의 사용료 조항은 특허뿐 아니라 저작권, 비밀공정 같은 노하우까지 함께 다룹니다. 등록이 필요 없는 자산까지 포괄하므로 '사용'은 권리가 아니라 기술·정보의 사용으로 보는 것이 자연스럽고, 기술은 국경과 상관없이 쓰일 수 있습니다.
판례의 일관성: 대법원은 비공개 노하우 사용료는 실제 국내 사용 여부로 판단해 왔는데, 국내 미등록 특허에만 다른 기준을 적용할 근거가 부족합니다.
속지주의의 범위: 속지주의는 특허권이 어디서 효력을 갖고 어디서 침해되는지에 관한 원칙일 뿐, 기술이 어디서 사용되는지를 정하는 원칙이 아닙니다. 국외 특허권자와 사용계약을 맺는 것도 계약자유의 원칙상 가능합니다.
그 결과 대법원 1992. 5. 12. 선고 91누6887 판결, 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 등 종전 판례 8건을 이 판결과 배치되는 범위에서 변경했습니다. 원심은 특허기술이 실제 국내 제조·판매에 쓰였는지 따져보지 않았으므로, 원심판결을 파기하고 수원고등법원에 환송했습니다. 다수의견에는 대법관 2명의 보충의견이 있습니다.
반대의견(대법관 3명) — 종전 판례를 유지해야
협약의 '특허'는 등록으로 효력이 생기는 특허권 자체를 뜻하며, 발명이나 기술을 뜻하지 않습니다.
속지주의상 '특허의 사용'은 등록국 안에서만 가능하므로 종전 판례가 맞습니다.
이런 사안 대부분은 수출 과정에서 생긴 미국 내 특허분쟁을 해결하려는 계약이므로, 사용료는 미국 특허의 미국 내 사용 대가로 보아야 합니다.
실무상 의미 · 이렇게 대응하세요
구분 | 종전 판례 | 이번 판결 이후 |
|---|---|---|
'사용'의 의미 | 특허권의 사용 | 특허기술의 사용 |
판단 기준 | 국내 등록 여부 | 국내 제조·판매 등 실제 사용 여부 |
국내 미등록 특허 사용료 | 국내원천소득 아님 | 국내원천소득이 될 수 있음 |
환급 경정청구 | 인용 가능성 높음 | 사용 실태에 따라 판단 |
라이선스 계약 검토: 계약 대가가 어떤 기술의 어떤 사용에 대한 것인지, 국내 생산·판매와의 관련성을 계약서와 내부 자료로 정리해 두는 것이 좋습니다.
원천징수 판단: '국내 미등록이면 원천징수 대상이 아니다'라는 기존 공식은 더 이상 그대로 통하지 않습니다.
진행 중인 경정청구·소송: 국내 미등록 특허라는 이유만으로 다투던 사건은 주장 구성을 다시 살펴야 합니다. 반대의견이 지적한 '해외 분쟁 해결 대가'라는 성격도 사실관계에 따라 쟁점이 될 수 있습니다.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 이번 판결로 판례가 바뀐 것인가요?
A1. 네. 국내 미등록 특허의 사용료는 국내원천소득이 아니라고 본 종전 판례 8건이 이 판결과 배치되는 범위에서 변경되었습니다.
Q2. 국내 미등록 특허 사용료는 모두 과세 대상이 되나요?
A2. 아닙니다. 특허기술이 실제로 국내에서 제조·판매 등에 사용된 대가인지가 기준입니다. 이 사건도 그 점을 다시 심리하라며 환송되었습니다.
Q3. 미국 외 다른 나라 특허에도 적용되나요?
A3. 이 판결은 한미조세협약 사안입니다. 다른 나라와의 조세조약은 문언과 구조가 다를 수 있으므로 해당 조약을 따로 검토해야 합니다.
Q4. 이미 환급을 청구해 둔 경우에는 어떻게 하나요?
A4. 이번 판결 기준에 맞춰 특허기술의 국내 사용 여부에 관한 자료를 다시 정리하고, 주장을 보완할지 검토하는 것이 좋습니다.
2025 대법원 전원합의체·주요 판례 모음
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글을 마치며
국내 미등록 특허의 사용료를 둘러싼 과세 기준이 1992년 이후 이어진 판례를 벗어나 새로 정리되었습니다. 이제는 등록 여부보다 기술이 실제로 국내에서 어떻게 쓰였는지가 중요합니다. 해외 특허 분쟁을 라이선스 계약으로 정리했거나 사용료 원천징수·경정청구를 검토하고 있다면, 계약 내용과 국내 사용 실태를 함께 살펴 대응 방향을 정하는 것이 좋습니다. 상담 시 라이선스 계약서와 사용료 지급·원천징수 자료를 함께 가져오시면 검토가 빠릅니다. 기업법무 자문은 시간당 33만 원 기준으로 진행하며, 예상 소요 시간은 상담 시 미리 안내드립니다.
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※ 본 글은 일반적인 법률정보 제공을 위한 것으로, 개별 사건의 결론은 구체적인 사실관계와 증거에 따라 달라질 수 있습니다.
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